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EtO滅菌是一種低溫過程（通常在37至63°C之間），該過程使用環氧乙烷氣體降低感染因子的水平。 EtO以氣體形式使用，通常與其他物質（例如CO2或蒸汽）混合。它主要用於不能承受典型的高壓滅菌器高溫的產品，例如塑料。要監視的主要物理參數是溫度和相對濕度。

該過程的總長度可能會根據要滅菌的貨物而有所不同，但是典型的週期為36到48小時。劃分週期有兩種主要方法：三相循環和五相循環。區別在於，三相循環確實會影響曝光前和曝光后的階段。

環氧乙烷滅菌器是一個由四個主要變量組成的化學過程：氣體濃度，濕度，溫度和時間。 EO是一種破坏微生物DNA的烷基化劑，可阻止它們繁殖。EO滲透透氣包裝，並對產品的所有可及表面進行滅菌，以通過對細胞繁殖必不可少的蛋白質進行烷基化作用，使產品變得無菌。