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濃度、溫度和滅菌時間的關係:在一定範圍內，溫度升高、濃度增加，可使滅菌時間縮短。在使用環氧乙烷滅菌器時必須合理選擇溫度、濃度和時間參數。

注意菌體外保護物對滅菌效果的影響:菌體表面含有的有機物越多，越難殺滅；有機物不僅可影響環氧乙烷的穿透，而且可消耗部分環氧乙烷。在無機鹽或有機物晶體中的微生物，用環氧乙烷難以殺滅。因此進行環氧乙烷滅菌前，必須將物品上有機和無機污物充分清洗乾淨，以保証滅菌成功。

環氧乙烷滅菌器中的氣體不損害滅菌的物品，且穿透力很強，可以將醫療器械上的病菌消滅乾淨。環氧乙烷滅菌器適合於包裝材料用紙，不能用於環氧乙烷滅菌的包裝有金屬箱、復合透析紙、聚氯乙烯、玻璃紙、尼龍、決析器和一次性作用的診療用品。

環氧乙烷滅菌器屬於通氣型硬質容器，應放在通風良好的地方，切勿將它置於接近火源的地方。為方便維修及定期保養，環氧乙烷滅菌器各側(包括上方)應預留51cm空間。